Tras un olvidable desempeño en Segunda División en 1999, Wanderers obtiene el ascenso a Primera División Profesional en el año 2000, perdiendo solamente dos partidos, siendo el equipo más goleador del campeonato. El 24 de mayo de 2015, se consigue el ascenso a Primera División tras imponerse 3-0 a la Agrupación Deportiva Alcorcón y proclamándose campeón de Segunda División, con 84 puntos, devuelta inmediatamente a la Primera División de España como campeones con dos partidos por disputar.